En plein déconfinement, la gestion des tests reste bancale

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27 mai 2020 / Moran Kerinec (Reporterre)



Le gouvernement et les autorités sanitaires ont insisté sur la nécessité de dépister massivement pour réussir le déconfinement. Mais cette stratégie nationale doit louvoyer entre nombre d’écueils, dont la bureaucratie ministérielle.

« Protéger, tester, isoler. » Le gouvernement a fini par l’affirmer : la sortie du déconfinement passera par la capacité à dépister systématiquement et préventivement les cas de Covid-19. Pour assurer la bonne marche du déconfinement, le cap a été fixé à 700.000 tests par semaine. Mais la France a-t-elle les moyens d’assumer cette ambition ? Le pays a subi des retards à répétition dans la gestion de la crise sanitaire, une gestion chaotique de la fourniture de masques, des blocages administratifs, la mise en place d’une cellule test controversée, le silence face aux alertes internes, le scandale des automates chinois, et son million d’écouvillons inutilisables. Des failles auxquelles s’additionnent les difficultés à comptabiliser les dépistages effectués. Deux semaines après le début du déconfinement, Reporterre fait le point sur les conditions de travail des dépisteurs, les chiffres du dépistage, et la collecte des données des dépistés.

Aujourd’hui, la stratégie nationale de dépistage s’appuie essentiellement sur les tests nasopharyngés PCR réalisés à l’aide d’écouvillons, des cotons-tiges d’une dizaine de centimètres. Si lors de son point quotidien du 19 mai, la Direction générale de la santé (DGS) a annoncé effectuer 50.000 tests quotidiens, les informations recueillies par Reporterre montrent que le chiffre réel est bien en dessous de cette estimation : « Nous réalisons entre 30.000 et 40.000 tests par jour », dit le Dr Blanchecotte, président du Syndicat des biologistes (SDB). Un chiffre obtenu grâce aux données enfin centralisées du SI-DEP (Système informatique de dépistage), tout juste mis en place le 11 mai, et auquel a eu accès le Dr Blanchecotte. Comment expliquer cette marge entre les projections du gouvernement et la réalité du terrain ? « La demande n’est pas là. Dans des régions comme la mienne, en Val de Loire, nous sommes très peu touchés », explique le Dr Blanchecotte. Un diagnostic partagé par le reste de la profession. « Jusqu’à maintenant, nous n’avons pas eu besoin de faire les 700.000 tests annoncés. Le gouvernement a fait livrer des automates géants avec des capacités de 2.000 tests par jour. C’est pour ça que ce chiffre a été annoncé, je pense, confirme le Dr Jean-Paul Feugeas, président du SNMB-CHU (Syndicat national des médecins biologistes de CHU), mais l’épidémie diminue pour les patients hospitalisés et les sujets contacts. »

« Ce qui fait peur, c’est ce qu’on a vu au commissariat de Lille. D’un seul coup, un foyer épidémique apparaît et on se retrouve à devoir dépister 2.000 personnes dans la journée », souligne le Dr Blanchecotte. « Si l’épidémie ne diminue pas, et que les foyers s’accumulent, il faudra faire des dépistages de masse, avertit le Dr Feugeas, la demande peut exploser du jour au lendemain. À Wuhan (Chine), les autorités ont testé toute la ville, près de 11 millions de personnes, du jour au lendemain. En cas de deuxième épidémie cet automne, il faut être paré. »

Pour le moment, le défi réside moins dans la capacité nationale d’effectuer des tests, que dans la rapidité d’exécution. « Dès qu’un foyer épidémique apparaît, il faut chercher les cas contacts. Donc effectuer beaucoup de tests dans des délais très courts. Ce n’est pas le nombre qui prime, mais la capacité d’exécution d’analyse », dit le Dr Cens, du laboratoire Biopyrénées de Pau (Pyrénées-Atlantiques). Pour mener à bien cette tâche, l’effort national se divise entre les hôpitaux, les laboratoires privés, les laboratoires de gendarmerie, les laboratoires départementaux d’analyses et les laboratoires de ville. Mais le partage du travail est inégalement réparti entre les différentes institutions.

« Nos amplitudes horaires ? Les trois-huit, sept jours sur sept » 

Les chiffres du SI-DEP sont formels : le dépistage de la population repose aujourd’hui sur les laboratoires privés. « Les estimations disponibles indiquent que 65 % des tests ont été réalisés au sein d’un laboratoire de biologie médicale de ville, 30 % au sein des établissements de santé et 5 % par les laboratoires départementaux ou de gendarmerie », précise la DGS. « Les dernières statistiques indiquent qu’en trois jours, sur environ 90.000 tests en France, 70.000 sont effectués par le privé », précise le Dr Blanchecotte. Qu’en est-il des tests dans les hôpitaux publics ? « Le secteur privé est meilleur que nous pour cette tâche, répond le Dr Feugeas. Historiquement, nos laboratoires d’analyses ont l’habitude de faire leurs tests sur des gens hospitalisés ou en consultation. D’ordinaire, quand les gens ont des analyses à faire, ils vont au laboratoire du coin, pas à l’hôpital. »

Reporterre s’était déjà penché sur les conditions de travail des biologistes chargés du dépistage. Un mois plus tard, les dépisteurs du Covid-19 expriment leur fatigue. Les horaires à rallonge n’ont pas changé. « Nos amplitudes horaires ? Les trois-huit, sept jours sur sept », répond Dr Ponseillé, du laboratoire Labosud de Montpellier (Hérault). Une cadence d’autant plus soutenue que le déconfinement s’accompagne du retour progressif des analyses « ordinaires » des laboratoires. La pénurie de matériel n’est plus quotidienne, mais guette toujours. Pour mener à bien leur tâche, les techniciens doivent changer systématiquement la couche supérieure de leur équipement de protection personnel (EPI) entre chaque prélèvement nasopharyngé. Difficile de percevoir les points faibles des approvisionnements : les ruptures de stock s’estiment au cas par cas, région par région.

Les premiers temps du dépistage avait des allures « cauchemardesques, on manquait de tout », confie un dépisteur.

« La situation reste sous surveillance, indique le Dr Ponseillé. On a réussi à trouver des filières d’approvisionnement, notamment sur les masques et les surblouses. On a des difficultés pour les gants. On reste en flux tendu, mais nous ne sommes plus en tension extrême comme il y a un mois. Concernant les réactifs, j’attends toutes les semaines ma livraison. Certains jours, je racle les fonds de tiroir pour pouvoir travailler. » Pour le Dr Lochu, de Clermont-Ferrand (Puy-de-Dôme), les tensions se font ressentir sur les EPI : « Nous n’avons plus de problèmes sur les écouvillons et les réactifs. En revanche, concernant les protections individuelles, c’est toujours la galère. »

« Les grands groupes s’en sont mieux sortis, parce qu’ils ont pu faire des commandes beaucoup plus importantes » 

Une « cellule test » a été établie fin mars par le gouvernement, avec pour objectif de piloter la stratégie nationale, et de passer des commandes globales de matériel pour les redistribuer aux biologistes. Difficile d’estimer avec précision l’efficacité de cette stratégie, mais les échos du terrain laissent entrevoir un approvisionnement embrouillé. « On doit remplir les plateformes du ministère toutes les semaines pour répertorier notre équipement. On a rempli des fichiers envoyés par l’agence régionale de santé (ARS), il y a des plateformes mises en place sur lesquelles on demande du matériel. Pour l’instant, on ne reçoit que des masques FFP2, soupire le Dr Lochu. On a eu un message de l’ARS la semaine dernière nous annonçant qu’on allait recevoir toute une liste de matériel, mais on ne l’a pas reçu. Eux-mêmes ne savent pas où ça en est, et je crois que les labos de la région qui devaient être équipés n’ont pas tous reçu leurs équipements. » S’il confirme que la situation s’est améliorée depuis le mois dernier, François Blanchecotte constate « [qu’]il y a encore des problèmes d’approvisionnement, certains réactifs n’arrivent que par cent, ou trois cents tests. Les grands groupes s’en sont mieux sortis, parce qu’ils ont pu faire des commandes beaucoup plus importantes ».

Interrogée, la DGS précise à Reporterre avoir commandé « plus de 3,4 millions de tests RT-PCR, dont 2,2 millions ont été livrés et distribué à date. L’État a par ailleurs sécurisé auprès des principaux fournisseurs de réactifs plus de 2,5 millions de tests qui, sans faire l’objet d’un achat par l’État, seront réservés au marché français. »

Un biologiste regarde un échantillon collecté le 22 avril à Neuilly-sur-Seine.

Serait-il possible d’augmenter la cadence du dépistage en cas de seconde vague épidémique ? Les biologistes veulent le croire, d’autant que la France n’utilise pas pleinement son réseau de laboratoires d’analyse. Parmi eux, les laboratoires départementaux d’analyses (LDA) restent sous-utilisés. Bien que n’effectuant que l’analyse des tests et les prélèvements, les LDA disposent d’une force de frappe importante : habitués à réaliser des analyses sur des troupeaux de bêtes d’élevage, ils sont capables d’exécuter jusqu’à 5.000 tests par jour. De plus, les automates utilisés ne sont pas « propriétaires », et ne sont donc pas restreints à l’usage de réactifs d’un seul groupe pharmaceutique, comme le sont les laboratoires privés. Cette particularité est d’autant plus intéressante que la plupart des fabricants de réactifs des LDA sont français, et ont proposé leur expertise au ministère de la Santé dès le 13 mars. « Il y a un double effet positif : les LDA ne monopolisent pas les réactifs des centres hospitaliers et des laboratoires de biologie humaine, qui n’ont d’autre choix que d’utiliser les réactifs dédiés à leurs outils fermés, alors que nous travaillons avec des outils ouverts, et des réactifs made in France », explique le Dr Valognes, présidente de l’Adilva (Association française des directeurs et cadres des laboratoires vétérinaires publics d’analyse), et directrice du laboratoire départemental d’analyse de la Mayenne.

 Mettre en danger le secret médical

Un mois et demi après le décret les autorisant à entrer en action, ces laboratoires ne sont pourtant pas au cœur de la stratégie française. « Si une grande majorité des laboratoires capables de faire de la PCR se sont mis en position, le nombre de tests réalisés par ce réseau est loin d’atteindre son maximum. On estime que sur l’ensemble du réseau, nous sommes à 10 % de la capacité d’analyse », dit le Dr Valognes. La cause de cette sous-utilisation de leurs capacités ? « Ce n’est pas un problème administratif ou de matériel. S’il y avait des échantillons à l’arrivée, nous pourrions les traiter, mais il n’y en a pas, poursuit-elle. Je considère que c’est une bonne chose. Ça veut dire que le virus ne circule pas forcément. » Selon les chiffres en sa possession, sur les 51 laboratoires départementaux d’analyses prêts à rejoindre l’effort national, 41 d’entre eux ont déjà accueilli des analyses.

Depuis le 11 mai, date du déconfinement, toutes les données doivent remonter systématiquement au ministère de la Santé grâce à un canal unique : le SI-DEP. Ce ne fut pas toujours le cas. Jusqu’à la veille du déconfinement, chaque laboratoire comptait ses tests dans son coin, les remontées au niveau national étaient laborieuses, et les véritables capacités de test de la France impossible à évaluer précisément : « Il fallait qu’on fasse remonter des statistiques à la région, à Santé publique France, puis l’ARS de Clermont-Ferrand, l’ARS dans l’Allier… explique le Dr Lochu. Tout le monde nous demandait nos chiffres. On a dû dire stop, parce qu’on ne pouvait pas passer notre temps à faire des extractions et des fichiers Excel. Maintenant, c’est résolu avec le SI-DEP, qui traite les informations en temps réel. »

L’outil, s’il permet de centraliser les données, reste chronophage. « Le SI-DEP est lourd, mais parce qu’il est complet : il y a beaucoup de détails et de cas particuliers. C’est un mal nécessaire », estime le Dr Ponseillé. Pour permettre aux équipes des Caisses primaires d’assurance-maladie (CPAM) de dépister les cas contacts des malades, les données collectées sur les patients sont précises : nom de naissance, nom d’état civil, adresse, sexe, date de naissance, numéro de téléphone ou du lieu de résidence à l’instar des Ehpad, adresse mél, type d’hébergement (structures d’hébergement collectif, en milieu carcéral, résident en Ehpad, hospitalisé, individuel, ne sais pas), date d’apparition des signes cliniques du Covid-19… Des informations envoyées aux CPAM et croisées avec celles des médecins généralistes pour mieux endiguer la pandémie.

Un membre de l’équipe médicale travaille avec une machine permettant d’analyser les tests PCR, le 21 avril, à l’hôpital de la Croix-Rousse à Lyon.

Mais certains cliniciens estiment que ces informations pourraient mettre en danger le secret médical qui les lie à leurs patients. « C’est vrai qu’il y a beaucoup d’informations transmises. Certains médecins traitants n’étaient pas d’accord avec tout ce qu’ils devaient déclarer », confirme le Dr Feugeas. Le dilemme n’échappe pas aux biologistes. La richesse de ces informations pourrait aiguiser l’appétit des acteurs du big data médical. Mais leur collecte reste essentielle à la stratégie nationale pour tracer et limiter la propagation de la pandémie.

Si les données sont théoriquement protégées par le Règlement général sur la protection des données (RGPD), il est néanmoins impossible de s’opposer à leur collecte, comme l’a souligné Le Canard enchaîné le 20 mai. D’autant que, révèle l’hebdomadaire, le système SI-DEP mis en place par Santé publique France ne transmet pas correctement ses informations au logiciel Contact Covid utilisé par la Sécurité sociale. Chaque cas positif doit donc être vérifié manuellement par un agent. Une situation pour l’instant acceptable, mais qui deviendrait intenable en cas de seconde vague épidémique.

 « Le meilleur test, pour encore des mois, va rester la PCR »

Plébiscités par les Français et certains politiques, les tests sérologiques, qui mesurent les anticorps au Covid-19 dans le sang, restent sujets à la plus grande précaution. Les premiers espoirs d’une immunité de groupe n’ont pour le moment pas établi de certitude suffisante pour compter sur celle-ci. Or, les tests sérologiques n’offrent pas de réponse formelle sur le caractère protecteur des anticorps. « Le risque est que les médecins prescrivent la sérologie, et que les personnes se sentent ensuite immunisées, non contaminantes, donc arrêtent la distanciation sociale et mettent les autres en danger », prévient le Dr Cens. Les techniciens du soin le répètent : le test sérologique peut faire office de rattrapage au test PCR, mais seulement dans des conditions très précises. Lesquelles ? « C’est intéressant seulement chez quelqu’un qui présente des symptômes depuis plus de quinze jours, mais qui est négatif au test PCR », précise le Dr Cens.

Même dans ce cas, les tests sérologiques ne représentent pas un passeport d’immunité, mais peuvent confirmer si le patient a bien été contaminé par le Covid-19, avec une marge d’erreur variable selon la qualité du test. Ce n’est que le 21 mai qu’une première liste de tests sérologiques a été validée par le CNR Pasteur, et seront bientôt pris en charge par la Sécurité sociale. Ce qui n’a pas empêché leurs utilisations pendant le confinement et jusqu’à présent. « De mi-mars à mi-avril, il n’y avait pas de résultats satisfaisants, seulement des tests de qualité défectueuse. Aujourd’hui, nous avons à disposition des tests performants », indique le Dr Ponseillé.

« Le meilleur test, pour encore des mois, va rester la PCR. C’est le seul test capable de trouver directement le virus. Il est positif dès le premier jour des symptômes, et parfois jusqu’à la cinquième semaine », affirme le Dr Cens. Néanmoins, il nécessite une main experte pour effectuer un prélèvement efficace. Si l’écouvillon, ce long coton-tige dédié aux prélèvements nasopharyngés est mal administré, l’efficacité du test peut passer de 98 % à 70 %. Une marge considérable, qui pourrait remettre en cause l’efficacité de la stratégie de dépistage française.





Lire aussi : Les dépisteurs du Covid-19 enchaînent les heures et les pénuries

Source : Moran Kerinec pour Reporterre

Photos :
. chapô : Des soignants préparent des prélèvements nasaux pour analyse dans un appareil de réaction en chaîne par polymérase (PCR) à haut taux de détection pour dépister le Covid-19, le 21 avril 2020, à l’hôpital de la Croix-Rousse, à Lyon. © Philippe Desmazes/AFP
. biologiste : © Thomas Coex/AFP
. Croix-Rousse : © Philippe Desmazes/AFP

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