Pollutions agricoles : la Loue, une rivière à l’agonie à cause de la filière comté

Lods (Doubs), reportage

Sous les rayons du soleil, vif en cette fin février, la rivière forme un miroir d’eau, reflétant l’ensemble du paysage. Devant les maisons, la Loue s’écoule paisiblement avant de chuter dans une série de cascades. Au loin, derrière la forêt, se dressent des falaises en calcaire.

Ce cadre confère à Lods, classé plus beau village de France et situé à 45 kilomètres de Besançon (Doubs), un air idyllique. Mais à y regarder de plus près, la Loue n’est pas si cristalline, et sa couleur tire sur le vert.

Sur le pont, Jean-Marc Bertacchi, accompagné de son border collie Charly, et Patrice Malavaux jettent un coup d’œil à la rivière. Au bout de quelques instants, les deux garde-pêches désignent une truite fario. Dans un coin, presque immobile, elle est brune à l’exception de sa nageoire caudale, anormalement toute blanche. « Celle-ci, dans trois jours, elle n’est plus là », prévient Jean-Marc Bertacchi.

« J’en suis à 160 poissons morts sur mon secteur, c’est écœurant »

En cinq minutes, sur les quatorze truites observées, la moitié présente des taches blanches. Elles sont atteintes de la saprolégniose, une maladie provoquée par un champignon qui attaque tous les organes du poisson.

Depuis fin janvier, c’est le triste spectacle auquel Jean-Marc Bertacchi assiste chaque jour au bord de la Loue. « J’en suis à 160 poissons morts sur mon secteur à Mouthier-Haute-Pierre et Vuillafans, c’est écœurant », se désespère celui qui a passé sa vie au bord de la rivière.

Après une pause, le regard vers l’eau, le quinquagénaire à la barbe grise reprend : « La saprolégniose n’est pas une maladie nouvelle, un salmonidé en bonne santé peut en réchapper. Ici, les truites sont très sensibles à cette infection car, déjà très affaiblies par la fraie [la reproduction, qui se déroule de décembre à février], elles vivent dans une rivière en mauvaise santé ». Ce qui a pour effet de réduire leurs défenses immunitaires et leur nourriture.

Patrice Malavaux, également membre du collectif de défense de l’environnement SOS Loue et Rivières Comtoises, montre du doigt le tapis d’algues vertes, filamenteuses : « Si la Loue était propre, il n’y aurait pas d’algues, le fond serait blanc, on devrait voir le moindre petit caillou. » En se développant, ces algues étouffent les insectes aquacoles, principale source de nourriture des truites.

S’ils connaissent si bien ce phénomène, c’est parce que ça fait seize ans que ça dure. « Les premières grosses vagues de mortalité remontent à 2009 dans la Loue, on repêchait les poissons morts par brouettes, se souvient Jean-Marc Bertacchi. Depuis, ça recommence presque chaque année. »

Effondrement de la vie animale

En 2010, 300 écologistes, pêcheurs et habitants, tout de noir vêtus, avait organisé « l’enterrement de la Loue » pour alerter sur l’hécatombe. Mais cela n’a rien changé. Le Doubs franco-suisse, le Dessoubre, le Cusancin, le Lison… Progressivement, toutes les rivières de Franche-Comté sont devenues concernées par le problème.

Une étude menée par le laboratoire chrono-environnement en partenariat avec l’Université de Franche-Comté parue en 2020 estime que la Loue a perdu entre 50 % et 80 % de ses poissons — comme les truites et les ombres — et la moitié de certains insectes (éphémères, plécoptères et trichoptères) en quarante ans.

« Nous sommes en train de perdre l’une des plus belles rivières de France, la Loue est en train de devenir une rivière morte », s’inquiète Jean-Marc Bertacchi. Pendant longtemps, la Loue a attiré les pêcheurs du monde entier et la vallée vivait du tourisme de la pêche.

« Avant 2009, ici c’était le paradis »

« Avant 2009, ici c’était le paradis : un pêcheur, même débutant, pouvait attraper quinze ou vingt truites dans la journée, se rappelle le garde-pêche. Aujourd’hui, il faut être une pointure pour espérer en faire une ou deux. »

La riche biodiversité de la Loue ne se limitait pas aux poissons, « elle était très étudiée par les scientifiques dans les années 1970 car c’était le cours d’eau qui abritait le plus d’invertébrés aquatiques en Europe », ajoute Patrice Malavaux.

Déjections de vaches

Comment en est-on arrivé là ? « Les algues sont alimentées par les rejets de nitrate et de phosphore issus principalement des déjections des vaches, c’est le même principe que les algues vertes en Bretagne, dans une moindre mesure », répond Patrice Malavaux.

Les causes de la pollution, connues dans la vallée depuis des années, ont été confirmées par l’étude du laboratoire Chrono-environnement et l’Université de Franche-Comté en 2020 puis par l’enquête Nutri-Karst [1] en 2022. La première indique que pour l’essentiel, la pollution est la conséquence de l’intensification des pratiques agricoles. Viennent ensuite le traitement des grumes en forêt par la filière du bois, les fuites des réseaux d’assainissement, les pollutions industrielles ainsi que les fuites d’hydrocarbures.

Réalisée par le Bureau des recherches géologiques et minières (BRGM) et commandée par la chambre d’agriculture du Doubs, l’enquête de 2022 précise que l’agriculture est responsable de 90 % des apports d’azote dans les bassins karstiques du massif du Jura. « Les bovins représentent respectivement 63 % et 71 % des apports de nitrates et de phosphates qui nourrissent les algues vertes, et sont majoritairement dédiés au comté », précise le document.

Du comté à Dubaï

Cette part a nettement augmenté en raison de l’intensification des pratiques agricoles : la production de comté a bondi ces trente dernières années dans le massif du Jura, passant de 30 000 tonnes commercialisées en 1991 à 63 500 tonnes en 2022.

Bien que la production ait légèrement baissé depuis le record de 2021 (72 000 tonnes), le comté est le fromage détenant une AOP le plus vendu en France. Il plaît aussi bien au-delà : en 2023, 10 % de la production de comté a été exportée, notamment en Belgique, en Allemagne mais aussi beaucoup plus loin. « J’ai trouvé du comté lors d’une escale à l’aéroport de Dubaï en 2022, je n’en revenais pas », se rappelle Jean-Marc Bertacchi.

Si le nombre de vaches laitières a baissé de 25 % depuis 1979 selon le rapport Nutri-Karst, la hausse de la production de comté s’est accompagnée d’une augmentation des surfaces mises en culture et des retournements des prairies. Pour améliorer la productivité laitière, les vaches ont reçu davantage de compléments alimentaires, ce qui a augmenté les volumes de déjections, indique aussi le rapport de 2020.

Celles-ci sont ensuite épandues sous forme de lisier pour stimuler la pousse de l’herbe en dehors des périodes de neige, de pluie ou de gel. « Le fumier, composé aussi de paille, absorbe les excréments des vaches, ce n’est pas le cas du lisier qui demande beaucoup moins de travail aux agriculteurs », dit Patrice Malavaux. À la fin de l’hiver, lorsque les cuves à lisier sont déversées, les volumes dépassent les capacités d’absorption du sol.

Au bord de la Loue, on ne voit pas les vaches à comté car les élevages sont en haut, sur les plateaux. « Mais l’eau, mélangée au lisier, se retrouve en un rien de temps dans les rivières, poursuit Patrice Malavaux, car les plateaux du Jura ont des sols karstiques : avec le ruissellement, les roches calcaires permettent aux molécules de s’infiltrer très rapidement. »

Des mesures intéressantes, mais insuffisantes

Contacté, le Comité Interprofessionnel de gestion du comté (CIGC) n’a pas souhaité répondre aux questions de Reporterre, arguant qu’il s’est déjà « largement exprimé sur la manière dont la filière comté, cahier des charges après cahier des charges, met en place des mesures de préservation des ressources naturelles ».

Validé fin 2024 par l’Institut national de l’origine et de la qualité (Inao), le nouveau cahier des charges, déjà parmi l’un des plus restrictifs de France [2] prévoit une augmentation de 30 % de la surface d’herbe par vache laitière (1,3 ha au lieu de 1), la limitation à 1,2 million de litres de production de lait par an par exploitation et pas d’épandage avant que la végétation ait redémarré son cycle au printemps.

S’il y a des points positifs, ce cahier des charges ne résoudra pas le problème, estime le collectif SOS Loue et rivières comtoises : « Maintenir le plafond de compléments alimentaires à 1 800 kg par vache [par an] est une aberration écologique car c’est la principale cause d’excédents d’azote et de phosphore dans les rivières. »

Surtout, « le choix de porter la productivité maximum à 8 500 litres de lait par vache confirme l’intensification progressive des pratiques d’élevage ». La limitation à 1 200 000 litres de lait par exploitation par an risque aussi d’entraîner l’agrandissement des fermes, selon le collectif : « Elles atteindraient des niveaux industriels très loin de l’image d’Épinal de petites fermes paysannes ». En conclusion, pour SOS Loue, « bien qu’aujourd’hui le modèle de production du comté soit bien plus vertueux que d’autres filières, le milieu est tellement fragile qu’il faut faire plus d’efforts ».

Des critiques parfois difficiles à formuler lorsque l’on sait que la filière AOP du comté fait la fierté de la région, avec ses 2 400 producteurs. Beaucoup d’agriculteurs vivent mal la stigmatisation de leur filière. Surtout lorsque les quelques fromageries qui ne respectent pas les règles passent devant la justice et que toute la filière comté se retrouve confrontée à l’attention médiatique.

100 000 euros d’amende

Depuis sa création en 2021, le pôle régional environnemental (PRE) du tribunal de Besançon a condamné deux fromageries produisant du comté à des amendes de 70 000 euros (dont 40 000 euros avec sursis) et 30 000 euros (dont 20 000 euros avec sursis). En cause : des pollutions suite à des rejets d’effluents dans les cours d’eau de la vallée de la Loue. Les fromageries ont fait appel de la décision et pour l’heure, les juges n’ont pas fixé le montant de la réparation du préjudice écologique, dans l’attente de l’estimation d’un expert.

Une troisième fromagerie, appartenant au groupe Lactalis a, elle, signé une Convention judiciaire d’intérêt public avec le tribunal par laquelle elle s’est acquittée d’une amende de 100 000 euros, et s’est engagée à mettre en conformité ses installations d’assainissement.

Le collectif SOS Loue et rivières comtoises, qui dénonce ces mauvaises pratiques, s’est vu en retour accusé d’« agribashing » par le préfet du Doubs en 2021. L’année d’après, un plan rivières karstiques a été publié par la préfecture mais celui-ci ne contenait rien de nouveau, selon SOS Loue et rivières comtoises, qui affirme que toutes les mesures existaient déjà.

L’ensemble des syndicats agricoles ont dénoncé quant à eux un « acharnement » et s’estimaient « mis au banc des accusés par le collectif SOS Loue ».

Trois ans plus tard, le sujet reste suffisamment délicat pour que l’OFB, toujours désigné comme bouc émissaire de la crise agricole, n’ait pas souhaité répondre aux questions de Reporterre. Malgré ces pressions, le collectif SOS Loue, toujours mobilisé, organise une manifestation pour la défense de cette rivière samedi 22 mars à Ornans.