À l’origine du Covid, les animaux du marché de Wuhan

Quelle est l’origine du Covid ? Dans le débat qui oppose les partisans de la zoonose naturelle à ceux de la fuite de laboratoire, la parution récente de deux études scientifiques réalisées par des équipes de recherche internationales marque un tournant. Elles démontrent que le « wet market » — marché au frais — de Wuhan, en Chine, est bien le premier épicentre de la pandémie et que deux contaminations animal-humain distinctes y ont eu lieu dans les premières semaines de novembre 2019, à environ une semaine d’intervalle.

L’identification du marché comme origine de la diffusion du Covid-19 en décembre 2019 est une forme de retour au point de départ. Dans un premier temps, il y a deux ans, elle semblait faire consensus à la fois dans la communauté scientifique et pour les autorités de santé chinoises. Celles-ci avaient procédé à la fermeture du lieu le 31 décembre 2019 dans la nuit, après avoir constaté une accumulation de patients hospitalisés pour pneumonie atypique sévère parmi ses usagers. Dans l’Asie du Sud-Est, les marchés où sont vendus des animaux vivants jouent traditionnellement le rôle de sentinelle ou de « signaux d’alerte » pour l’émergence des grippes. En Chine, on redoutait notamment l’apparition de cas de H5N1 à partir de la volaille et d’autres maladies respiratoires d’origine aviaire. Ces craintes faisaient de longue date des wet markets des lieux controversés : décriés par certains tout en étant appréciés par d’autres pour la disponibilité en produits frais et/ou abattus sous les yeux du client.

Les chercheurs ont noté une diffusion à partir de l’aile qui commercialise des chiens viverrins

Dans un second temps, le doute s’est installé quant à l’origine du virus du Covid, le Sars-CoV-2. Le wet market de Wuhan — d’ailleurs tout aussi connu pour ses ventes de fruits de mer que pour ses étals de boucherie et ses échoppes proposant des animaux vivants — a été présenté non plus comme le point de départ de la maladie mais comme un lieu majeur de son amplification. En cause, un nombre non négligeable de cas précoces qu’on ne parvenait pas à relier à la fréquentation du marché ni même à ses utilisateurs. Cette incertitude avait, en particulier, laissé la voie libre à l’idée qu’un opérateur du laboratoire de virologie de Wuhan, infecté accidentellement au cours d’une manipulation, avait pu être responsable des premières contaminations ailleurs dans la ville.

Deux ans et demi après, Michael Worobey et son équipe assurent dans Science avoir démontré qu’il n’en est rien et que les premières contaminations se sont bien déroulées sur ce marché : le Huanan wet market de Wuhan, dans le quartier de Jianghan sur la rive ouest du Yangtsé. Et plus particulièrement, dans la partie ouest de ce marché qui comptait 120 magasins dont 7 au moins proposaient des animaux vivants : oiseaux, serpents, mammifères et petits carnivores. Ces derniers provenaient essentiellement d’élevage, même lorsqu’ils ont pour nous l’apparence d’animaux sauvages comme les renards ou les chiens viverrins.

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Pour parvenir à ce résultat spectaculaire, l’étude internationale dirigée par Michael Worobey a repris l’ensemble des données collectées par le Center for disease control (CDC) chinois au cours de l’hiver 2019-2020 : témoignages et localisations des premiers cas humains, prélèvements environnementaux réalisés sur le marché, échantillons sanguins collectés par les hôpitaux de la ville pendant l’automne qui a précédé la survenue de l’épidémie. Le travail a consisté ensuite à utiliser des outils de cartographie et des logiciels de mathématique pour prouver que la distribution des premiers patients signalés ne devait rien au hasard. Non seulement ils sont globalement situés à une distance anormalement proche du marché, mais même lorsqu’ils n’y sont pas connectés ni n’en sont utilisateurs, leur répartition spatiale d’ensemble a pour moyenne – ou pour centre – le marché… À Wuhan, aucun autre lieu, même plus fréquenté, n’est dans une situation comparable.

À l’intérieur du Huanan market, les échantillons positifs ne se répartissent pas non plus au hasard. Leur distribution indique une diffusion à partir de l’aile qui commercialise des animaux vivants. Et plus particulièrement, pointe vers un stand pour lequel on dispose de preuves photographiques que des chiens viverrins y ont été enfermés en octobre, novembre et décembre 2019. Appelés aussi « raccoon dogs », il s’agit d’animaux élevés en Chine par millions pour leur fourrure, souvent en compagnie de renards et de visons dont le poil est moins précieux pour l’industrie textile.

Le paradoxe, c’est que pour aboutir à ces conclusions, l’équipe de M. Worobey a utilisé un rapport de George Gao (dit aussi Gao Fu), le président du CDC chinois, qui vient d’achever son mandat. Rapport qui comprend de nombreuses données sur les prélèvements effectués sur le marché mais qui élude toute trace, présence ou commercialisation d’animaux élevés en Chine pour leur fourrure dans les lieux inspectés. On se rappelle que le marché en question a été visité le 31 janvier 2021 par la mission conjointe de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), investie à l’époque pour enquêter sur les origines de la pandémie.

La mission en question avait publié, dans la douleur et sur fond de tensions géopolitiques, un rapport récapitulatif de ses investigations, avant d’être dissoute en septembre 2021 pour laisser la place à Sago, une structure constituée de vingt-sept chercheurs du monde entier qui n’est plus chargée de résoudre le mystère des origines du Sars-CoV-2 mais de recenser, de discuter et de comprendre les émergences pandémiques en général.

À la lecture de son premier rapport sorti au mois de juin, on réalise que les recherches autour de l’actuelle pandémie continuent d’occuper la plus grande partie de son temps et de son énergie. Les trois hypothèses principales : zoonose, fuite de laboratoire, contamination par des denrées alimentaires (éventuellement surgelées) y sont présentées et conduisent à des préconisations de biosécurité d’envergure.

Quant à l’origine du Sars-Cov-2, des scientifiques chinois sont régulièrement invités par la commission Sago à faire part de leurs avancées sur les études recommandées par le rapport de l’OMS de mars 2021. Les résultats qu’ils lui présentent, pour intéressants qu’ils soient, ne permettent malheureusement aucune vérification, ni traitement secondaire du fait d’un refus obstiné de fournir un accès aux données brutes. Surtout, le « traçage » demandé par l’OMS, de manière réitérée, des producteurs, éleveurs et employés des exploitations animales ayant achalandé les marchés de Wuhan ne progresse pas.

Stratégie de la Chine pour entraver l’enquête et/ou protéger son industrie de la fourrure

Au point qu’on peut lire à la page 30 du rapport, ce qui ressemble à une mise au point vigoureuse : « Il convient de se concentrer davantage sur les études concernant les carnivores en Chine, notamment ceux qui sont détenus ou élevés en grand nombre pour l’exploitation humaine, comme la production de fourrure (chiens viverrins, civettes, visons). Il est essentiel de déterminer les sites d’élevage qui sont des sources d’approvisionnement pour le Huanan Seafood Market et d’autres marchés humides de Wuhan. [...] Des enquêtes et des audits doivent être menés pour déterminer les lieux et la taille de ces sites de production. Une attention particulière doit être accordée aux activités d’abattage avant ou après la première détection du Sars-CoV-2 chez l’humain. [...] Les humains employés dans les installations d’élevage ou dans la chaîne d’exploitation en aval doivent être identifiés et soumis à des tests sérologiques. Les sérums de ces personnes doivent être partagés avec des laboratoires internationaux pour une vérification externe. »

Cela fait près de trente mois que de telles recommandations sont formulées par des experts de premier plan, sans être suivies d’effets. Elles ont pourtant force d’évidence. « Honnêtement, les animaux vivants sur le marché qui sont connus pour être sensibles au Sars-CoV-2 devraient être le premier endroit où regarder » indiquait, par exemple, en février 2021, E.C Holmes, le premier chercheur au monde à avoir séquencé le Sars-CoV-2.

À titre de comparaison, lors de l’apparition de cas de Sras — coronavirus responsable du syndrome respiratoire aigu sévère — en janvier 2004 sur le marché de Xinyuan dans le Guangzhou, on avait testé immédiatement puis à plusieurs reprises et de manière longitudinale, les civettes, les chiens viverrins et les nombreuses autres espèces présentes. Ainsi que leurs vendeurs et acquéreurs. Et on avait procédé à des inspections et à des prélèvements dans plus de vingt-cinq fermes situées dans douze provinces différentes dont les animaux malades étaient issus pour déterminer si leurs contaminations avaient eu lieu sur place, pendant le trajet ou dans leur ferme d’origine. Vingt ans plus tard, alors que le protocole est bien rodé, rien de tout cela n’a été entrepris. On a échantillonné soit des animaux errants aux abords du marché deux mois après la bataille, soit des animaux vendus à Huanan mais connus pour être peu sensibles à ce genre de virus… ainsi qu’une multitude d’animaux sauvages mais quasiment aucun de ceux élevés en captivité.

Il paraît donc difficile d’y voir autre chose qu’une stratégie délibérée de la Chine pour entraver l’enquête et/ou protéger son industrie de la fourrure – voire son modèle de production agricole qui s’oriente actuellement vers une industrialisation croissante à l’américaine. D’innombrables petites exploitations d’élevage d’animaux sauvages ont été fermées au printemps 2020. Aucune n’a été inspectée avant de disparaître. Seules les fermes à fourrure ont pu continuer, pour une bonne part d’entre elles, à ceci près que la vente des carcasses de visons, renards et chiens viverrins à destination de l’alimentation humaine est devenue illégale.

Dans son étude, Michael Worobey prend soin de ne pas s’aventurer dans des conjectures incriminant le pouvoir chinois. Il note tout de même que George Gao et ses équipes n’ont pas réalisé les échantillonnages nécessaires. Il faut dire que si elle était involontaire, une telle maladresse serait difficile à expliquer : fin janvier 2020, le CDC affirmait avoir déterminé l’étalage précis et le vendeur du marché de Wuhan où un des virus vivants avait été prélevé et l’identification de l’animal n’était alors « plus qu’une question de jours ».

Fait crucial, une autre étude sortie dans Nature en juin 2021 a documenté la présence régulière et continue de visons, de chiens viverrins, de renards roux et même de civettes sur les marchés de Wuhan pendant la période allant de 2017 à fin 2019. Il s’agissait d’une petite équipe internationale menant une enquête mensuelle de routine indépendante sur dix-sept stands situés dans les quatre marchés vendant des animaux sauvages vivants au cœur de la cité. Cette enquête visait à identifier la source de la fièvre sévère avec syndrome de thrombocytopénie transmise par les tiques. Ce travail au long cours a été brutalement interrompu en décembre 2019 par la fermeture du marché de Huanan, l’un des quatre sites où des observations régulières avaient lieu. Les chercheurs ont immédiatement pensé que leur recensement rigoureux (effectifs des animaux vendus, prix de vente, état de santé des bêtes) allait forcément intéresser les scientifiques. Au lieu de cela, on les a éconduits.

Puis, à partir de fin février 2020, l’ensemble des informations pouvant faire l’objet de publications concernant l’épidémie sont tombés sous le coup de la censure chinoise, en vue d’un « déploiement coordonné » Les chercheurs, dont l’instigateur principal Xiao Xiao, ont été contraints au silence. Le fait que dans cette équipe travaillait aussi un chercheur britannique et une chercheuse canadienne n’est pas étranger à ce que les résultats aient fini malgré tout par être déterrés et paraître. Trop tard toutefois pour être mobilisés par la mission de l’OMS en visite à Wuhan quelques mois plus tôt et aiguiller ses conclusions.

Des études à prendre avec des pincettes

Cette étude a cependant motivé le travail de Michael Worrobey et de ses collègues en les poussant à la corroborer. Enfin et surtout, dans une dernière étude connexe à celle qu’il a publiée dans Science, Michael Worobey et son équipe ont établi, en s’appuyant sur un raisonnement phylogénétique et ce qu’il nomme une « horloge moléculaire », que deux lignées virales du Sars-CoV-2 ont éclos sur le marché Huanan en novembre 2019.

Une lignée A et une lignée B non descendantes l’une de l’autre. Les chercheurs en déduisent qu’il n’y a pas eu une unique contamination animal/humain, mais au moins deux contaminations distinctes réussies dans cette période pré-épidémique, à 8 ou 15 jours d’intervalle. Selon eux, le virus ne circulait pas à Wuhan avant ces transmissions. Cela les amène à conclure qu’il est presque impossible qu’une fuite de laboratoire puisse être à l’origine de la pandémie. En effet, si leurs conclusions sont exactes, il aurait fallu qu’à deux reprises dissociées dans le temps, un opérateur contaminé travaillant dans un laboratoire se retrouve en situation de diffuser le virus dont il aurait été porteur à l’intérieur du wet market.

Pour rigoureuse et convaincante qu’elle soit, cette dernière partie de la démonstration de M. Worobey et des chercheurs qui s’y sont associés ne devrait pas clore le débat. En effet, la divulgation récente et forcée de documents de demandes de subvention par l’Institut américain de la santé a récemment livré de nombreux détails problématiques sur les projets menés par l’ONG Ecohealth de Peter Daszak avec l’institut de virologie de Wuhan. On relève que de ce côté-là aussi se sont accumulés les omissions, les occultations et les contre-feux pour empêcher le public d’y voir clair et de s’inquiéter au sujet de pratiques expérimentales potentiellement risquées pour la santé humaine qui s’y déroulaient. Or, plusieurs des scientifiques qui ont cosigné l’étude de Michael Worobey font partie de ceux qui sont venus discrètement mais sûrement à la rescousse de Peter Daszak, dès le début 2020 lorsqu’on a commencé à mettre en question l’activité du laboratoire et son rôle potentiel dans la pandémie. Parfois sans mentionner leurs conflits d’intérêt et en taisant les mobiles réels de leur prise de position.