Qu’est-ce que le « pesticide paradox », ce phénomène qui menace notre santé ?

Un jour de mai 2014, l’hôpital l’a appelé pour un patient atteint d’une infection pulmonaire incurable. « La victime avait été contaminée par un champignon résistant à tous les traitements et nous n’avons pas pu la sauver. C’était le premier cas du service à ma connaissance », raconte Guillaume Decocq, professeur à l’université de Picardie et praticien hospitalier au Centre universitaire hospitalier (CHU) d’Amiens-Picardie.

Depuis, il en a vu d’autres. En France, la prévalence des patients avec une infection nosocomiale [1] à champignon a augmenté de 64,3 % entre 2017 et 2022. Et les maladies liées aux champignons touchent quelque 300 millions de personnes dans le monde chaque année, vient de rappeler l’Organisation mondiale de la santé (OMS).

« Pour des personnes immunodéprimées, une telle infection peut devenir fatale »

« On parle moins des infections fongiques que des infections bactériennes et virales, car elles sont moins fréquentes et moins graves. L’immunité humaine marche bien contre les champignons. Mais pour des personnes immunodéprimées, une telle infection peut devenir fatale », explique le spécialiste. Ce qui était le cas du patient décédé dans sa clinique, un agriculteur traité pour une polyarthrite aigüe avec un médicament immunosuppresseur [2].

L’enquête épidémiologique lancée par le CHU identifia rapidement le coupable : Aspergillus fumigatus, un champignon filamenteux largement présent dans les sols. Dans les prélèvements faits au domicile de l’agriculteur, mais aussi dans ses champs, des souches multirésistantes ont été retrouvées partout. Or, les spores de ce champignon se dispersent dans l’air, ce qui rend une contamination des voies respiratoires très facile.

Entre 250 000 et 350 000 personnes immunodéprimées

« Aspergillus fumigatus est le principal champignon responsable d’infection invasive pulmonaire chez les patients immunodéprimés, entrainant le décès d’environ huit patients sur dix », dit Anne-Lise Bienvenu, pharmacienne aux Hospices civils de Lyon et membre de l’Académie nationale de pharmacie.

Il n’existe pas de chiffres récents en France sur le nombre de cas, mais l’augmentation du nombre de personnes immunodéprimées et donc vulnérables inquiète. En France, entre 250 000 et 350 000 personnes sont sévèrement immunodéprimées, conséquence à la fois des maladies qui attaquent le système immunitaire et de l’augmentation des traitements immunosuppresseurs, comme certains traitements hormonaux, anticancéreux ou corticoïdes à fortes doses.

La résistance aux médicaments antifongiques est devenu ces dernières années un enjeu de santé publique international. Dans un premier rapport sur le sujet en 2025, l’OMS a demandé aux États de mieux suivre le phénomène.

Fin avril 2026, plus de 50 chercheurs internationaux ont lancé un appel dans la revue Nature Medicine à destination des autorités sanitaires. Le texte rappelle en particulier qu’il n’existe que trois familles d’antifongiques pour la médecine humaine, qui n’ont déjà plus d’effets sur des champignons multirésistants. Ce qui conduit à des impasses thérapeutiques, c’est-à-dire à des situations où les malades sont incurables des infections causées par ce qu’on appelle communément les « superchampignons ».

Des champignons résistants retrouvés dans les cultures

Plus inquiétant encore, les azolés, la famille d’antifongique la plus utilisée, car elle est la seule à être prise en cachet, est largement utilisée en agriculture. Les champignons du sol exposés aux azolés deviennent en conséquent résistants aux traitements phytosanitaires mais aussi aux médicaments.

L’apparition de résistance est un phénomène rapide bien connu : les superchampignons du sol sont sélectionnés lors du traitement contre les moisissures dans les cultures, puisque ce sont les seuls à ne pas être détruits par le produit. Puis les spores résistantes se disséminent dans l’air.

Or, une grande part de la consommation mondiale de ces fongicides est en Europe avec 10 000 tonnes d’azolés consommés annuellement, s’inquiète un rapport de 2025 des cinq agences européennes pour la santé et l’environnement. Des concentrations fortes de champignons résistants ont en particulier été retrouvées dans des pailles et autres restes de culture, et dans du bois fraichement coupé. Car ce biocide est aussi utilisé en sylviculture.

Le rapport pointe la nécessité d’ajouter de nouvelles obligations spécifiques dans les processus d’approbation et d’autorisation des fongicides azolés. Une preuve supplémentaire de la nocivité des pesticides utilisés en agriculture industrielle. Plusieurs pesticides azolés sont également des PFAS, comme le montre [3] la liste publiée fin juin par Générations futures.

Bulbes de fleurs

En France, certains travaux universitaires commencent à rechercher ces souches résistantes. Un des auteurs de l’article publié dans Nature Medecine, Jacques Guillot, professeur en mycologie au CHU vétérinaire de Nantes, fait des prélèvements dans des élevages de volailles où les antifongiques sont utilisés pour désinfecter les litières.

L’horticulture est aussi pointée du doigt. « C’est aux Pays-Bas que le problème d’Aspergillus fumigatus a été révélé en Europe, conséquence des traitements antifongiques des bulbes de fleurs », raconte le chercheur. Les premières souches résistantes y ont été retrouvées chez des patients en 2000 et progressent depuis, selon une publication néerlandaise dans Public Library of Science, qui date de 2008.

Le problème n’est pas cantonné aux Aspergillus. D’autres champignons résistants préoccupants ont été listés par l’OMS, dont Candida auris. Découverte en 2009, cette levure systématiquement résistante aux antifongiques est responsable d’infections du sang très graves, souvent fatales. Ce pathogène est en augmentation dans le monde, mais les conditions exactes de son émergence restent un mystère car il a été découvert simultanément sur trois continents. L’usage des antifongiques et l’augmentation des températures sont néanmoins les deux principales hypothèses formulées aujourd’hui, selon une étude de 2019.

« Pesticide paradox »

Suivi en France par l’institut Pasteur, le nombre d’infections à Candida auris est passé de un cas en 2007 à une quinzaine en 2025. D’autres champignons du genre Candida présents dans nos organismes peuvent aussi devenir pathogènes chez des patients immunodéprimés. Cette fois, la résistance du champignon est acquise sous l’effet de la prise de médicaments antifongiques.

« Nous pouvons agir par une mobilisation de la responsabilité collective, en réduisant les antifongiques en agriculture, en rationalisant les prescriptions en médecine humaine et animale, et en informant le patient sur l’importance de respecter la durée du traitement antifongique », défend Anne-Lise Bienvenu. La difficulté à enrayer le phénomène d’antibiorésistance montre toutefois l’ampleur de la tâche.

En attendant, l’environnement est déjà largement contaminé en molécules antifongiques. Outre les humains, des impacts négatifs ont aussi été montrés sur les grenouilles et les poissons, précise Guillaume Decocq. Des batraciens exposés à petites doses aux antifongiques présents dans l’eau deviennent plus sensibles aux champignons, car cette exposition amoindrit leurs propres défenses, un phénomène tristement appelé le « pesticide paradox ».