Pollution de l’eau : quand détruire coûte moins cher que respecter les règles

Cet article est publié en partenariat avec le journal d’investigation locale Mediacités.

« Groupe Péna, une autre idée du recyclage », vante le site internet d’une entreprise familiale près de Bordeaux. Traitement des métaux, déchets du BTP ou électroménager, elle a su se positionner sur un marché très concurrentiel, jusqu’à dépasser les près de 100 millions d’euros de chiffre d’affaires [1]. Non sans quelques accrocs, révélateurs d’une justice environnementale qui avance à tâtons, enchaîne les dysfonctionnements et manque de moyens.

Cette entreprise fait figure de cas d’école : en février 2025, sa société principale, Péna Métaux, a été condamnée à 200 000 euros d’amende à la suite de rejets de plomb et de cuivre dans l’eau. Après avoir été mise en demeure par l’État, l’entreprise ne s’était pas mise en conformité. Le groupe est un récidiviste : il a déjà été condamné en 2021 pour des faits similaires et est suivi par les services de l’État. Mais il reste en infraction, « plus de cinq ans après la première mise en demeure », résume le tribunal de Bordeaux dans son jugement.

Comment expliquer une telle inertie au sein d’une entreprise aussi importante ? Contacté, le groupe n’a pas répondu à nos questions. Mais l’affaire met en lumière la complexité et la lenteur avec laquelle sont traités les dossiers de pollution de l’eau en France. Lorsqu’ils parviennent à la connaissance des autorités, la majorité des cas font le plus souvent l’objet de multiples relances et mises en demeure administratives pendant des années, donnant parfois lieu à une amende ordonnée par les services de l’État, beaucoup plus rarement à une procédure judiciaire, et presque jamais à un procès.

Hécatombe du côté des agents

En 2021, le procureur général près la Cour de cassation François Molins mettait en garde contre « un risque de dépénalisation de fait du droit de l’environnement », en évoquant la diminution du nombre d’infractions traitées par les tribunaux et la faiblesse des peines prononcées. En 2024, les atteintes à l’environnement en France ne représentaient que 2 203 condamnations en correctionnelle sur 526 576, soit 0,4 %.

---

Vous êtes témoin de faits ou d’agissements qui méritent l’attention du grand public ? Contactez Reporterre de manière sécurisée.

---

Avant d’aboutir à une éventuelle sanction judiciaire, la plupart des affaires sont traitées par les agents qui composent la police de l’eau dans les services déconcentrés de l’État. Il s’agit pour l’essentiel du personnel des directions départementales des territoires (DDT) et de celui des directions régionales de l’environnement, de l’aménagement et du logement (Dreal), rattachées directement aux préfectures, et de ceux de l’Office français de la biodiversité (OFB), placés sous la double autorité du préfet et du procureur, qui disposent d’une indépendance plus grande. Au total 1 560 équivalents temps plein en 2024, selon les chiffres de la Cour des comptes. Des effectifs très limités pour veiller sur l’état d’une ressource naturelle vitale et menacée.

« Dans un de nos départements, la Marne, cette année, ils vont être 6 agents, alors qu’ils devraient être 15, déplore Emmanuel Perez, chef de service adjoint à l’OFB dans le Grand Est. Six agents, c’était le nombre qu’on était du temps de l’Onema [ex-OFB], dans les années 2000-2010, mais pour trois fois moins de missions car on ne faisait que de la police de l’eau. Maintenant, on fait tout le milieu aquatique et tout le milieu terrestre. »

« Ils vont être 6 agents,
alors qu’ils devraient être 15 »

D’autant que ces agents n’ont pas tous la même approche. Dans les préfectures, ceux de la DDT et de la Dreal s’occupent d’abord de police administrative : ils cherchent à faire cesser un manquement, par exemple dans le cas d’un industriel qui ne respecterait pas un arrêté limitant ses rejets dans un cours d’eau.

« Pour nous, la sanction sera un peu un échec, même si elle peut devenir inévitable. Notre job est plutôt d’accompagner le pollueur à changer son processus industriel ou à acheter l’équipement qu’il faut pour se mettre en conformité », détaille un agent de la Dreal dans le nord de la France, sous couvert d’anonymat.

De leur côté, les agents de l’OFB, même s’ils réalisent aussi beaucoup de missions de police administrative, possèdent cette culture de police judiciaire : ils cherchent à réprimer une infraction, en dressant des procès-verbaux et en transmettant aux procureurs pour aboutir à des contraventions ou à des poursuites.

Sur le terrain, une même pollution de l’eau pourra donc être traitée en police administrative ou en police judiciaire, selon la gravité des faits, la disponibilité des services et les priorités définies par les préfets et les parquets. Non sans quelques frictions.

Moins de 4 mises en demeure pour 64 contrôles

Dans les faits, les préfets se retrouvent souvent en situation d’arbitrer entre une application stricte de la réglementation et la prise en compte d’enjeux politiques ou économiques. Résultat : en moyenne, la Cour des comptes recensait « moins de 4 mises en demeure par an et par département pour 64 contrôles non conformes » dans le domaine de la police de l’eau. Les sanctions sont encore moins fréquentes.

Lire aussi : L’OFB mis sous tutelle : « Les agents deviendront les pantins du préfet »

Selon le rapport, en 2024, seulement 44 amendes administratives ont été prononcées, dont 33 émises par une seule DDT, en Bretagne, où la médiatisation des affaires de pollution de l’eau, notamment concernant les algues vertes, a entraîné un durcissement des pouvoirs publics.

Cet écart est particulièrement visible en ce qui concerne les contrôles des rejets de nitrates par les agriculteurs [lire l’enquête de notre partenaire Mediacités dans les Pays de la Loire]. En théorie, certains manquements à cette réglementation pourraient faire l’objet d’une procédure judiciaire. Mais, les préfets et les procureurs « préfèrent la plupart du temps orienter les suites de nos contrôles sur des rapports de manquements administratifs (RMA) », constate Emmanuel Perez.

Après réception de ces courriers, les agriculteurs ont quinze jours pour se mettre en conformité. Si les manquements persistent, l’exploitant pourra être mis en demeure. « Ensuite ça peut aller loin. Le préfet a de grands pouvoirs répressifs : il peut faire de la consignation de somme, de la saisie des biens, faire stopper une activité… Il ne met jamais ça en œuvre ou très peu, mais ça peut arriver », nuance Emmanuel Perez.

Magistrats débordés et classements sans suite

En bout de chaîne, la justice ne joue également pas toujours son rôle en matière de protection de l’environnement. L’activité des tribunaux reste très disparate selon les parquets et les territoires. « On a des procureurs qui ne sont pas sensibles à la cause environnementale. Certains mettent tous nos PV [procès-verbaux] à la poubelle. Et puis d’autres procureurs sont très motivés par la matière et soutiennent beaucoup nos procédures », constate Emmanuel Perez. En clair : selon l’endroit où vous polluez, vous ne serez pas traités judiciairement de la même manière.

Conscient de la situation, le ministère de la Justice a mis en place en 2021 des juridictions spécialisées, les pôles régionaux environnementaux (PRE), dans chaque cour d’appel de France. L’idée est de centraliser les affaires les plus complexes en matière d’environnement, avec des magistrats formés sur ces enjeux. Mais là aussi, le bilan est très variable. Certains pôles sont très actifs, organisent des audiences spécialisées, des formations dédiées et communiquent même en détail sur leurs chiffres. À l’instar de celui de Bayonne (Pyrénées-Atlantiques), qui a poursuivi en audience ou par ordonnance pénale plus de 120 affaires entre 2021 et 2024. À l’inverse, le PRE de Rouen (Seine-Maritime) n’a jugé que deux affaires depuis sa création.

« L’environnement, je l’évalue à une demi-journée par semaine, hélas »

Il faut dire que les magistrats référents pour ces PRE ne sont pas dédiés à temps plein à l’environnement. « C’est seulement un étage de l’armoire que comportent nos bureaux. Je suis en charge des infractions économiques et financières, mais aussi du droit commun. L’environnement, je l’évalue à une demi-journée par semaine, hélas », expliquait la magistrate Natacha Collot, alors rattachée au PRE de Nancy, sur France Inter en 2023.

« Beaucoup de PRE étaient des coquilles vides, mais ils montent en puissance, estime une administratrice de la branche lyonnaise de l’association de juristes Notre affaire à tous, qui a publié fin 2025 une étude sur le sujet. Tout l’enjeu, c’est d’aboutir à la création d’un véritable juge de l’environnement, qui n’existe pas encore. » Reste que, selon nos informations, plusieurs pôles ne disposent pas aujourd’hui d’assistants spécialisés ou d’attachés de justice pour épauler des magistrats débordés.

Faute de moyens, beaucoup de contentieux environnementaux sont classés sans suite. Et quand les affaires sont traitées, elles arrivent rarement jusqu’aux bancs du tribunal. Dans son rapport sur la police de l’eau, la Cour des comptes avance que 80 % de procédures liées à l’eau se sont conclues en alternative aux poursuites entre 2018 et 2023. Des mesures qui vont de l’avertissement pénal au stage de sensibilisation, jusqu’à la réparation du préjudice. Elles ont le mérite d’accélérer les procédures et de restaurer plus vite les dommages causés à l’environnement. Mais sans transparence, ni procès public.

Sollicité dans le cadre de notre enquête, le ministère de la Justice explique s’être emparé du problème, et constate « un accroissement de la judiciarisation des atteintes environnementales » au cours des dernières années. Ainsi, le taux de poursuite pour l’ensemble des contentieux environnementaux est passé selon la Chancellerie de 24 % en 2020 à 31 % en 2024. Un chiffre en progression certes, mais nettement en deçà du taux de poursuite moyen, de l’ordre de 62 % en 2025.

692 euros d’amende en moyenne

La faiblesse des sanctions est un autre point noir de la justice environnementale. Elles restent encore peu dissuasives et peuvent faciliter des situations de récidives. En 2023, la Cour des comptes recense 482 condamnations pour des infractions liées à l’eau, avec un montant moyen par amende de 692 euros. Et moins de cinq affaires sont assorties d’un emprisonnement. La justice dispose pourtant d’outils puissants en matière environnementale.

« Les peines maximales prévues sont très importantes, et les incriminations peuvent être très fortes, que ce soit avec l’écocide ou la mise en danger. Mais le problème, c’est l’application », constate Sébastien Bécue, avocat spécialiste en droit de l’environnement. « Les amendes et les peines complémentaires possibles sont sous-utilisées », regrette de son côté Anne Roques, juriste à France Nature Environnement. Comme une exclusion des marchés publics ou encore la suppression d’aides publiques pendant plusieurs années.

« Tant que les condamnations ne seront pas dissuasives, détruire l’environnement coûtera toujours moins cher »

La mise en place des conventions judiciaires d’intérêt public en matière environnementale (CJIPE) aurait dû nettement augmenter le montant des amendes. Créés à l’origine pour des faits de corruption, ces accords passés entre la justice et une personne morale mise en cause dans un délit ont été élargis en 2021 aux infractions environnementales. Plus rapide, cette procédure permet à l’État de demander des réparations financières pour dédommager les victimes et une amende d’intérêt public importante pouvant atteindre en théorie jusqu’à 30 % du chiffre d’affaires de l’entité mise en cause.

Mais en matière d’environnement, le pari n’est qu’à moitié tenu. Si une amende de 1,2 million d’euros vient d’être validée par le parquet de Marseille pour pollution des eaux de la société Naphtachimie, les montants sont souvent très éloignés des CJIP portant sur des affaires financières (amende record de 2 milliards d’euros pour Airbus).

« Une goutte d’eau dans l’océan des profits »

C’est ainsi le cas pour une pollution causée par Nestlé dans la rivière de l’Aisne, dans les Ardennes, en 2020. Plus de 6 tonnes de poissons avaient été retrouvés morts sur 14 km de linéaire. La reconstitution du milieu naturel prendra des années selon l’évaluation du préjudice. Si, dans la convention judiciaire signée en 2022, Nestlé s’est engagée à remettre en conformité son usine pour un montant de près de 500 000 euros et à verser 475 000 euros à la Fédération de pêche des Ardennes, son amende d’intérêt public n’a été que de 40 000 euros, bien loin du plafond théorique de 590 millions d’euros (30 % du chiffre d’affaires annuel de Nestlé).

Contacté, Nestlé affirme que cette pollution a été causée par « un dysfonctionnement tout à fait exceptionnel » de sa station d’épuration, et que « le démarrage rapide des travaux a permis de couvrir la restauration des abords de l’Aisne sur plus de 120 km de rivière », soit bien plus que le secteur concerné au départ. Une pollution qui aurait donc des vertus, selon la multinationale suisse…

En 2022, à Vercel, dans le Doubs, une fromagerie du groupe Lactalis produisant notamment le comté Président rejette des effluents organiques dans la rivière locale, après avoir déjà été mise en demeure à plusieurs reprises les mois précédents. Mise à part quelques tubifex, des vers de vase particulièrement résistants à la pollution, « toute autre forme de vie a disparu » du cours d’eau, constatent sur place les agents de l’OFB, après avoir découvert un ruisseau « tapissé d’amas gluants blanchâtres », comme le relate la convention validée un an plus tard par le tribunal de Besançon. Lactalis s’acquittera finalement d’une amende de 100 000 euros. La même année, la seule fromagerie de Vercel a réalisé un chiffre d’affaires de plus de 50 millions d’euros.

En avril 2026, après une nouvelle condamnation du groupe laitier pour la pollution d’une autre rivière dans le Cantal, France Nature Environnement a calculé que le montant total des amendes et dommages et intérêts dus par Lactalis dépassait faiblement le 1 million d’euros en dix ans. « Autant dire une goutte d’eau dans l’océan des profits, peste alors Norma Jullien Cravotta, juriste à FNE Auvergne-Rhône-Alpes. Tant que les condamnations ne seront pas dissuasives, détruire l’environnement coûtera toujours moins cher que de se mettre en conformité avec la réglementation. »