S’opposer aux NGT, les « nouveaux OGM », est-il antiscientifique ?

De nombreux scientifiques sont récemment montés au créneau pour défendre les « nouveaux OGM », autrement appelés NGT, pour « Nouvelles technologies génomiques » (« new genomic techniques »). En octobre 2023, une vingtaine de chercheurs français assuraient dans une tribune au Monde que ces NGT étaient sans danger et même plein de promesses pour accompagner la transition agroécologique.

Dans une lettre ouverte publiée en janvier 2024, ce sont même 37 prix Nobel et quelque 1 500 scientifiques qui exhortaient le Parlement européen à soutenir le développement des NGT sur le continent. Ceux-ci seraient indispensables pour répondre à l’urgence écologique, et s’y opposer reviendrait à céder aux « ténèbres de l’alarmisme antiscientifique », clamaient les chercheurs. Ils semblent avoir été entendus, le Parlement ayant validé le 7 février le projet de dérégulation des NGT de la Commission européenne.

Il existe pourtant de nombreuses raisons de s’opposer à ces nouveaux OGM : risque d’appropriation du vivant par l’agrochimie et d’affaiblissement des petits paysans, utilisation favorisant l’usage de pesticides, contamination inéluctable des cultures bio… les craintes concernant les conséquences socio-économiques de ces NGT sont multiples. Mais faut-il redouter la technologie d’édition du génome en elle-même ? Ou cela relève-t-il de « l’alarmisme antiscientifique » ?

Des mutations plus précises et moins nombreuses

En réalité, la science est moins consensuelle sur le sujet que ne le suggère la rhétorique caricaturale des auteurs de la tribune. « Émettre des doutes avant d’épandre une technologie dans la société n’est pas antiscientifique. C’est une critique de la technoscience à la limite, pas une critique de la science. Ces amalgames sont fatigants », soupire Isabelle Goldringer, agronome généticienne à l’Inrae.

Un premier argument de sûreté avancé par les promoteurs des NGT consiste à souligner que les mutations génétiques sont un processus banal dans le vivant, et a fortiori en agriculture. Depuis des milliers d’années, la sélection variétale a consisté à tirer parti de ces mutations naturelles.

Et depuis les années 1930, la mutagenèse a accéléré le processus : par irradiation ou par réaction chimique, les semenciers provoquent volontairement de grandes quantités de mutations, à l’aveugle, chez les plantes. Puis ils gardent celles qui les intéressent, qui produisent des variétés avec grains plus gros, plus résistants, etc.

Ces plantes mutantes sont massivement consommées au quotidien. La base de données commune de la FAO et de l’AIEA en recense plus de 3 400 variétés dans le monde. Elles constituent les semences standard, non étiquetées comme OGM, alors même qu’elles sont factuellement « génétiquement modifiées ».

« En plus de la mutation recherchée, la mutagenèse peut créer jusqu’à 500 000 mutations hors cible. On tente ensuite de purifier mais certaines mutations restent présentes. Et même sans mutagenèse, les croisements classiques entre variétés génèrent 10 ou 15 mutations aléatoires dans le génome », souligne Pierre Barret, chercheur à l’Inrae et spécialiste des biotechnologies.

Nous mangeons ainsi quotidiennement, souvent sans en avoir conscience, des aliments massivement modifiés génétiquement. L’arrivée des OGM, par la technologie de transgenèse, consistant à intégrer un gène extérieur dans le génome, puis celle des NGT, qui permettent d’éditer directement et plus précisément le génome grâce à la technologie CRISPR-Cas9 (voir l’infographie ci-dessous), n’aurait donc aucune raison d’être crainte : ces NGT ne feraient que modifier le génome de manière moins massive et plus contrôlée qu’auparavant.

Sauf que l’édition du génome n’est pas toujours aussi précise que prévu. Plusieurs études ont relevé des effets « off target », hors du gène ciblé, parfois très nombreux, lors de l’utilisation des technologies CRISPR. L’ARN guide associé à CRISPR (voir infographie) agit comme une tête chercheuse : il cherche précisément la séquence génétique à éditer dans tout le génome de la cellule. Mais il arrive qu’il se trompe de cible, notamment si d’autres séquences du génome s’avèrent être similaires.

« Mais on sait aujourd’hui, grâce à nos logiciels, sélectionner une séquence d’ARN guide qui élimine tout risque de confusion, on obtient beaucoup de précision », assure Emmanuel Guiderdoni, biologiste cellulaire et moléculaire au Cirad, qui travaille sur l’édition génomique du riz avec CRISPR. Pour éliminer d’éventuels effets off target persistants, les chercheurs contrôlent aussi a posteriori les gènes proches du gène ciblé, pour éliminer les lignées porteuses d’erreurs.

« Savoir s’il reste aujourd’hui des effets off target est controversé, les études sont contradictoires. Mais même s’il reste deux ou trois mutations dans le génome, c’est de l’ordre du bruit de fond par rapport aux mutations que provoque la mutagenèse », rappelle Pierre Barret.

Plus précis mais pas moins dangereux ?

Même lorsque CRISPR atteint parfaitement sa cible, de nombreuses erreurs peuvent encore interférer avec l’édition du génome, comme l’ont montré d’autres travaux. Après que le génome a été coupé par CRISPR pour être édité, celui-ci peut se “réparer” de travers, entraîner un réarrangement du chromosome qui supprime ou modifie l’information génétique. Certaines de ces erreurs seraient détectables en théorie mais font rarement partie des routines de contrôle du génotype réalisées après utilisation de CRISPR, alertaient en 2020 des chercheurs dans Environmental Sciences Europe.

Autre problème : CRISPR-Cas9, dont la précision lui vaut le surnom de « ciseaux moléculaires », n’est pas utilisable ex nihilo. Il suppose une phase de culture des cellules ou des tissus in vitro, elle-même source de nombreuses mutations. « De plus, les variétés de plantes que l’on veut utiliser en agriculture ne sont souvent pas modifiables directement par CRISPR. On va éditer une autre variété puis transférer le gène édité dans la bonne plante par croisements variétaux. Avec autant de mutations potentielles. On est très loin des “ciseaux” ou du copier-coller magique vendu par CRISPR », dénonce Olivier Leduc, conseiller scientifique d’Inf’OGM, association de veille citoyenne sur les OGM.

Une étude publiée en 2019 dans Communications Biology indiquait même avoir retrouvé dans le génome de souris génétiquement modifiées avec CRISPR de l’ADN bovin, issu du sérum bovin utilisé pour le milieu de culture. Et de l’ADN bactérien, utilisé dans l’outil moléculaire CRISPR lui-même. Mais ces insertions accidentelles sont rares, d’après les chercheurs, et sont évitables, en supprimant la présence de gènes étrangers dans le sérum de culture notamment.

« Chez les plantes, les insertions sont vérifiées une par une, et seules celles présentant les modifications attendues sont conservées. Et on peut utiliser CRISPR sans ajout d’ADN », assure Pierre Barret.

Dernier point majeur suscitant la controverse : quand bien même la précision de l’édition génomique des NGT serait assurée, celle-ci n’est pas forcément gage de moindres conséquences biologiques. « On peut être aussi précis qu’on veut, mais si on n’a pas tout compris au fonctionnement du gène, ses interférences avec d’autres gènes de l’organisme, avec l’épigénétique, cela reste source d’incertitudes », s’inquiète Isabelle Goldringer.

« La précision ne peut être assimilée à la sécurité. Un tireur précis n’est pas nécessairement un tireur sans danger », appuient également une centaine de chercheurs de nombreuses disciplines, signataires d’une lettre ouverte s’inquiétant de la dérégulation des NGT voulue par la Commission européenne.

Incertitudes et alternatives

Dans le projet de dérégulation des NGT, voté le 7 février par le Parlement européen, la Commission propose de dispenser les NGT de règles d’évaluations similaires à celles appliquées pour les OGM, du moment que le NGT ne subisse pas plus de 20 modifications génétiques.

La raison étant qu’une modification de moins de 20 nucléotides (les molécules constituant le code de l’ADN) peut se produire naturellement, et qu’on ne pourrait ainsi pas distinguer la modification intentionnelle d’une mutation naturelle. Mais ce seuil de 20 nucléotides n’a aucune pertinence en termes de risques. Raison pour laquelle l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) a estimé, dans un avis publié fin 2023, que ce seuil n’avait « pas de justification scientifique ».

Cela relativise quelque peu la tentation des scientifiques pro-NGT de rejeter leurs contradicteurs dans « les ténèbres de l’antiscience ». La grande complexité du génome et les incertitudes persistantes rendent les doutes légitimes. Même si, au regard des ordres de grandeur évoqués et de la relative banalité des mutations du génome, le risque reste modéré. « L’aspect sanitaire est loin d’être le plus préoccupant avec les NGT, par rapport au risque de perte d’autonomie des paysans, par exemple », reconnaît Olivier Leduc.

L’argument d’autorité voulant que les NGT soient indispensables pour affronter l’urgence écologique —en adaptant rapidement les semences au climat changeant ou en les rendant moins gourmandes en eau ou en pesticides — est en revanche fallacieux et porteur d’une rhétorique technosolutionniste, que dénonce Isabelle Goldringer.

« Nous sommes dans une économie de la promesse, qui mise tout sur la technique, qui veut faire de l’agroécologie par la robotique, la génomique, le numérique… La recherche sur les NGT accapare des dizaines de millions d’euros qui pourraient servir à une vraie transition agroécologique systémique », dit-elle. Une transition fondée sur l’agroécologie paysanne et sur des semences locales obtenues sans technologie brevetable serait une alternative valable, techniquement différente, mais tout autant scientifique.